ndfl_xml2012.frm - плагин в замену системного. Не обрабатывает структурные подразделения с различными КПП-ОКТМО, всё ставит на основное предприятие.
Необходимо заменить аналогичный плагин в каталоге pro\plugins\print\salary и воспользоваться системной выгрузкой "2-НДФЛ в электр. виде(XML 2011"
Если не получится, то надо будет подправить в печатной форме, в формуле, имя файла. Я уже не помню что там было в поставке несколько лет назад